Det har gått fem år sedan Ben besegrade Vilgax och undanröjde Omnitrixen. Men nu har hans morfar Max försvunnit under mystiska omständigheter och Jorden är hotad av en utomjordisk invasion. Det blir upp till 15-årige Max att finna sin inre styrka och samarbeta med sin kusin Gwen och sin gamle nemesis Kevin. Nu måste de skapa en armé stark nog att ta sig an den ultimata kampen i galaxen.
